#!/bin/bash

function set_parameters_init_warm () {
    file=$1
    init_warm_nstep=`echo "$init_warm_time / $init_gmx_dt" | bc -l | cut -f 1 -d '.'`
    init_warm_frame_feq=1000000
    init_seed=`date +%s`
    sed -e "/^dt/s/=.*/= $init_gmx_dt/g" $file |\
    sed -e "/^nstep/s/=.*/= $init_warm_nstep/g" |\
    sed -e "/^ld-seed/s/=.*/= $init_seed/g" |\
    sed -e "/^gen_vel/s/=.*/= no/g" |\
    sed -e "/^nstlog/s/=.*/= $init_gmx_log_feq/g" |\
    sed -e "/^nstenergy/s/=.*/= $init_gmx_energy_feq/g" |\
    sed -e "/^nstxtcout/s/=.*/= $init_warm_frame_feq/g" > tmptmptmp.mdp
    mv -f tmptmptmp.mdp $file
}

function set_parameters_init () {
    file=$1
    init_nstep=`echo "$init_prod_time / $init_gmx_dt" | bc -l | cut -f 1 -d '.'`
    init_xtc_feq=`echo "$init_frame_feq / $init_gmx_dt" | bc -l | cut -f 1 -d '.'`
#    echo "init_xtc_feq is $init_xtc_feq"
    init_seed=`date +%s`
    sed -e "/^dt/s/=.*/= $init_gmx_dt/g" $file |\
    sed -e "/^nstep/s/=.*/= $init_nstep/g" |\
    sed -e "/^ld-seed/s/=.*/= $init_seed/g" |\
    sed -e "/^gen_vel/s/=.*/= no/g" |\
    sed -e "/^nstlog/s/=.*/= $init_gmx_log_feq/g" |\
    sed -e "/^nstenergy/s/=.*/= $init_gmx_energy_feq/g" |\
    sed -e "/^nstxout/s/=.*/= $init_xtc_feq/g" |\
    sed -e "/^nstxtcout/s/=.*/= $init_xtc_feq/g" > tmptmptmp.mdp
    mv -f tmptmptmp.mdp $file
}
